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什么叫种子序列？
什么叫种子序列？
种子序列即其它物种中此基因的序列。
通过数据检索我们会获得候选蛋白的ID，根据此ID从数据库中提取相应序列
棉花的序列可以直接根据ID从面棉花在线数据库中提取出来，很是方便。此时我们有了候选蛋白序列，之后通过NCBI-CDD，Pfam，KEGG等数据库对候选蛋白进行检验，从而确定其基因家族成员。
pubmed需要注册吗？
不需要注册的。
是不需要注册的，如果你要保存自己的检索策略等内容，点击右上方的sign in to NCBI。
不提供期刊文章的全文，但是通常会附有指向全文的链接。PubMed系统的特征工具栏提供辅助检索功能、侧栏提供其它检索如期刊数据库检索、主题词数据库检索和特征文献检索。提供原文获取服务免费提供题录和文摘，可与提供原文的网址链接，提供检索词自动转换匹配，操作简便、快捷。
生物信息学中accession什么意思，可以通过accession去搜寻基因吗？
NCBI中的每一条基因序列都有一个accession number，是数据库接受这条序列的时候给的，是一个唯一的编号，就像人的身份证号码一样。
最主要的用处就是去数据库搜寻。
retion是什么意思？
Reference Seq 其实是NCBI下的一个算作子库一样的数据库，包括基因组DNA，转录组，蛋白组数据，说白了是经过人工校验过的数据库，一般比较真实可靠且不冗余，你可能也发现了在NCBI中一个基因会有多个版本，但是经过校正进入RefSeq的一个基因一般只有一个序列 当然转录本一般不止一条，要是查询比对什么的用这个库比较靠谱，详见生物信息的书吧
ncbi中怎么进行批量blast？
用C 重构的那个版本，蛋白比对速度快了好多倍。
不要直接blastx。你既然是mRNA，那么ORF显然只有一个。先找出这个，然后直接做blastp。
不要使用全蛋白的数据库，而是做一些筛选。你可以选择：
只选出mRNA对应目标物种的蛋白。
只使用注释良好的蛋白，比如用SwissProt。
使用去冗余的蛋白库，比如UniRef90，或者自己去冗余。
也可以以上都做。
当然，你还可以搞个大点的电脑。NCBI的blast可以开多线程。